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掃描電鏡為物體表面結構成像，具有分辨率較高，可方便快捷地進行高真空模式與低真空、熱模式之間的轉換，放大倍數范圍寬，從5×到300000×，而且樣品室空間和觀察視野大，對樣品觀察以從宏觀到納米尺度，裝置所搭載的能譜分析儀EDS將所測信號通過計算機系統進行數字化，可以在短時間內對樣品進行元素分布分析。
三、實驗流程
1. 樣品的初步處理
a.取材樣品面積可達8mm×8mm，厚度可達5mm。對于易卷曲的樣品如血管、胃腸道粘膜等，可固定在濾紙或卡片紙上，以充分暴露待觀察的組織表面。
b.樣品的清洗
(1)用等滲的生理鹽水或緩沖液清洗；
(2)用5%的蘇打水清洗；
(3)用超聲震蕩或酶消化的方法進行處理。
c. 固定
固定所用的試劑和透射電鏡樣品制備相同，常用戊二醛及鋨酸雙固定。由于樣品體積較大，固定時間應適當延長。也可用快速冷凍固定。
d. 脫水
樣品經漂洗后用逐級增高濃度的酒精或丙酮脫水，然后進入中間液，一般用醋酸異戊酯作中間液。
2. 樣品的干燥
a.空氣干燥法
空氣干燥法又稱自然干燥法，就是將經過脫水的樣品，讓其暴露在空氣中使脫水劑逐漸揮發干燥。這種方法的大優點是簡便易行和節省時間；它的主要缺點是在干燥過程中，組織會由于脫水劑揮發時表面張力的作用而產生收縮變形。因此，該方法一般只適用于表面較為堅硬的樣品。
b. 冷凍干燥法
(1)置于冷凍保護劑中：將樣品置于冷凍保護劑中浸泡數小時。常用的冷凍保護劑為10%～20%二甲基亞砜水溶液，或15%～40%甘油水溶液。
(2)驟冷：將經過保護劑處理的樣品迅速投入用液氮預冷至(150℃的氟利昂冷凍劑中，使樣品中的水分很快凍結。
(3)干燥：將已凍結的樣品移到冷凍干燥器內已預冷的樣品臺上，抽真空，經幾小時或數天后，樣品即達到干燥。本方法不需要脫水，避免了有機溶劑對樣品成分的抽提作用，不會使樣品收縮，也是較早使用的方法。但是，由于花費時間長，消耗液氮多，容易產生冰晶損傷，因此未被廣泛應用。
3. 樣品的導電處理(真空鍍膜法)
真空鍍膜法是利用真空膜儀進行的。其原理是在高真空狀態下把所要噴鍍的金屬加熱，當加熱到熔點以上時，會蒸發成極細小的顆粒噴射到樣品上，在樣品表面形成一層金屬膜，使樣品導電。噴鍍用的金屬材料應選擇熔點低、化學性能穩定、在高溫下和鎢不起作用以及有高的二次電子產生率、膜本身沒有結構。現在一般選用金或金和碳。為了獲得細的顆粒，有用鉑或用金-鈀、鉑-鈀合金的。金屬膜的厚度一般為10 nm～20 nm。真空鍍膜法所形成的膜，金屬顆粒較粗，膜不夠均勻，操作較復雜并且費時，目前已經較少使用。
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